Jonathan Eisen : faites connaissance avec vos microbes

Nos corps sont recouverts d'une mer de microbes, à la fois pathogènes qui nous rendent malades et les "bons" microbes, que nous connaissons moins bien, qui pourraient nous garder en bonne santé. A TEDMED, le microbiologiste Jonathan Eisen partage ce que nous savons, y compris des façons surprenantes de faire travailler les bons microbes.

Je vais commencer par une petite histoire.

Donc, j'ai grandi dans ce quartier. Quand j'avais 15 ans,

j'ai cessé d'être ce que je pense que j'étais, un jeune athlète costaud,

en quatre mois, je me suis étiolé lentement

jusqu'à ce que je sois en gros victime de famine

avec une soif inextinguible.

En gros, j''avais digéré mon corps.

Et tout ça a atteint un paroxysme quand j'étais en randonnée,

ma première randonnée en fait, sur Old Rag Mountain

en Virginie Occidentale et que je mettais mon visage dans des flaques d'eau

et je buvais comme un chien.

Cette nuit-là, j'ai été emmené aux urgences

et diagnostiqué comme diabétique de type 1 en pleine crise d'acidocétose.

Et j'ai récupéré, grâce aux miracles de la médecine moderne,

l'insuline et d'autres choses et je suis revenu à mon poids initial, et je l'ai même dépassé.

Et quelque chose a pourri à l'intérieur de moi après ça.

Ce à quoi je pensais c'était, qu'est-ce qui a provoqué le diabète ?

Vous voyez, le diabète est une maladie auto-immune

où votre corps se combat lui-même et à l'époque les gens pensaient que

peut-être, d'une certaine façon, l'exposition à un agent pathogène

avait déclenché mon système immunitaire pour qu'il lutte contre l'agent pathogène

et puis tue les cellules qui fabriquent l'insuline.

Et c'est ce que j'ai pensé pendant longtemps,

et c'est en fait ce sur quoi la médecine et les gens ont continué à se concentrer,

les microbes qui font du mal.

Et c'est là que j'ai besoin de mon assistante.

Vous la reconnaissez peut-être.

Donc, je suis allé hier, je m'en excuse, j'ai séché quelques conférences,

et je suis allé à la National Academy of Sciences,

et ils vendent des jouets, des microbes géants.

Et c'est parti !

Vous avez attrapé la maladie mangeuse de chair si vous avvez attrapé celui-là.

Il faut que je retrouve mes aptitudes au baseball ici.

(Rires)

Donc, c'est malheureux ou ce n'est pas étonnant, la plupart des microbes

qu'ils vendent à la National Academy sont des agents pathogènes.

Tout le monde se concentre sur les choses qui nous tuent,

et c'est ce sur quoi je me concentrais .

Et il s'avère que nous sommes couverts d'un nuage de microbes,

et ces microbes nous font du bien la plupart du temps,

plutôt que de nous tuer.

Et donc, nous le savons depuis un certain temps.

Les gens ont utilisé des microscopes pour observer les microbes qui nous recouvre,

je sais que vous ne faites pas attention à moi, mais...

(Rires)

Les microbes qui nous recouvrent.

Et si vous les regardez au microscope,

vous pouvez voir que nous avons en fait 10 fois plus de cellules

de microbes sur nous que de cellules humaines.

La masse de microbes et supérieure à la masse de notre cerveau.

Nous sommes littéralement un écosystème qui grouille de micro-organismes.

Et malheureusement, si vous voulez en savoir plus sur les micro-organismes,

il ne suffit pas de les regarder au microscope.

Et donc nous venons d'entendre parler du séquençage de l'ADN.

Il s'avère que l'une des meilleures façons de regarder les microbes

et de les comprendre est de regarder leur ADN.

Et c'est ce que j'ai fait depuis 20 ans,

à l'aide du séquençage de l'ADN, en recueillant des échantillons de divers endroits,

y compris le corps humain, en lisant la séquence d'ADN

et puis en utilisant le séquençage de l'ADN pour nous parler

des microbes qui se trouvent dans un endroit particulier.

Et ce qui est étonnant, lorsque vous utilisez cette technologie,

par exemple, si l'on considère les êtres humains, nous ne sommes pas seulement couvert

d'une mer de microbes.

Il y a des milliers d'espèces différentes de microbes sur nous.

Nous avons des millions de gènes de microbes

dans notre microbiome humain qui nous recouvrent.

Et donc cette diversité microbienne diffère d'une personne à l'autre,

et ce à quoi les gens ont pensé ces 10, peut-être 15

dernières années c'est que ces microbes,

ce nuage microbien en nous et sur nous,

et les variations entre nous, sont peut-être responsables

des différences de santé et de maladie entre nous.

Et ça nous ramène à l'histoire du diabète que je vous racontais.

Il s'avère que les gens pensent maintenant que l'un des déclencheurs

du diabète de type 1 n'est pas la lutte contre un agent pathogène,

mais est en fait la tentative de lutte, une communication défaillante avec les microbes

qui vivent dans et sur vous.

Et d'une certaine façon peut-être que la communauté microbienne

qui est en moi et sur moi, et ensuite ça a déclenché une sorte

de réponse immunitaire et la conduit à ce que je tue les cellules

qui fabriquent l'insuline dans mon corps.

Et c'est ce dont je veux vous parler pendant quelques minutes,

ce que les gens ont appris à l'aide des techniques de séquençage ADN

en particulier, pour étudier le nuage microbien

qui vit en nous et sur nous.

Et je veux vous parler d'un projet personnel.

Ma première expérience personnelle avec l'étude des microbes

sur le corps humain vient en fait d'une conférence que j'ai donnée,

à deux pas d'ici à Georgetown.

J'ai donné une conférence et un ami de la famille qui se trouvait

être le Doyen de Georgetown Medical School assistait à la Conférence,

et est venu me dire par la suite qu'ils faisaient

une étude des greffes iléales chez les gens.

Et ils voulaient observer les microbes après la greffe.

Et j'ai donc commencé une collaboration avec cette personne,

Michael Zasloff et Thomas Fishbein, pour observer les microbes

qui colonisaient ces ilea après qu'on les ait greffés sur quelqu'un.

Et je peux vous dire tous les détails de l'étude microbienne

que nous avons faite, mais la raison pour laquelle que je tiens à vous raconter cette histoire

est une chose vraiment frappante qu'ils l'ont fait au début

de ce projet.

Ils prennent l'iléon d'un donneur, qui est plein des microbes du donneur

et ils ont un bénéficiaire qui pourrait avoir un problème

avec sa communauté microbienne, disons la maladie de Crohn,

et ils stérilisent l'iléon du donneur.

Ils ont nettoyé tous les microbes et ensuite greffé le patient.

Ils ont fait cela parce que c'était une pratique courante

en médecine, même s'il était évident

que ce n'était pas une bonne idée.

Et heureusement, dans le cadre de ce projet,

les chirurgiens transplantologues et les autres personnes

ont décidé d'oublier la pratique courante. Nous devons passer à autre chose..

Donc ils sont en fait passés à laisser une partie de la communauté microbienne

dans l'iléon. Ils laissent les microbes du donneur,

et théoriquement, ça pourrait aider les personnes qui reçoivent

cette greffe iléale.

Et les gens, c'est donc une étude que j'ai faite.

Au cours des dernières années, il y a eu une grande expansion

de l'utilisation de la technologie de l'ADN pour l'étude des microbes dans et sur les gens.

Il y a quelque chose appelé le Projet Microbiome Humain

en ce moment aux États-Unis,

et MetaHIT en Europe et beaucoup d'autres projets en cours.

Et quand les gens ont fait diverses d'études,

ils ont appris des choses, par exemple, quand un bébé nait

au cours de l'accouchement par voie basse, il est colonisé

par les microbes de sa mère.

Il y a des facteurs de risque associés aux césariennes,

certains de ces facteurs de risque peuvent être dus à la mauvaise colonisation

lorsqu'on extrait un bébé de sa mère par césarienne

plutôt que de pratiquer un accouchement par voie naturelle.

Et diverses autres études ont montré que la

communauté microbienne qui vit en nous et sur nous

contribue au développement du système immunitaire,

à repousser les agents pathogènes, à notre métabolisme,

et en déterminant notre métabolisme, elle détermine probablement

notre odeur et peut même influencer notre comportement

de diverses façons.

Et donc, ces études ont documenté ou suggéré

à partir de diverses fonctions importantes pour la communauté microbienne,

ce nuage, les non-pathogènes qui vivent dans et sur nous.

Et un domaine que je pense très intéressant,

et que plusieurs d'entre vous peuvent avoir maintenant que nous avons jeté

des microbes dans la foule, est une chose que j'appellerais « la germophobie. »

Les gens sont vraiment fans de propreté, non ?

Nous avons des antibiotiques dans nos tiroirs de cuisine,

les gens se lavent tout, tout le temps,

nous injectons des antibiotiques dans notre nourriture, dans nos communautés,

nous prenons des antibiotiques de manière excessive.

Et tuer les agents pathogènes est une bonne chose si on est malade,

mais nous devons comprendre que lorsque nous injections des produits chimiques

et des antibiotiques dans notre monde, que nous tuons aussi

le nuage de microbes qui vivent dans et sur nous.

Et l'utilisation excessive des antibiotiques, en particulier chez les enfants,

s'est avérée associée, une fois de plus, aux facteurs de risque

de l'obésité, des maladies auto-immunes, pour divers

problèmes qui sont probablement dus à des perturbations

de la communauté microbienne.

La communauté microbienne peut donc mal tourner

que nous le voulions ou non,

ou nous pouvons la tuer avec des antibiotiques,

mais que pouvons-nous faire pour la restaurer ?

Je suis certain que beaucoup de gens ont entendu parler des probiotiques.

Les probiotiques sont une chose que vous pouvez essayer pour restaurer

la communauté microbienne qui est en vous et sur vous.

Et ils se sont certainement montrés efficace dans certains cas.

Il y a un projet en cours à UC Davis, où les gens utilisent

des probiotiques pour essayer de traiter, de prévenir,

l'entérocolite nécrosante chez les prématurés.

Les prématurés ont de réels problèmes avec leur communauté microbienne.

Et il est possible que les probiotiques puissent contribuer à prévenir

le développement de cette horrible entérocolite nécrosante

chez ces prématurés.

Mais les probiotiques sont une solution très simple.

La plupart des pilules que vous pouvez prendre ou les yaourts que vous pouvez manger

contiennent une ou deux espèces, peut-être cinq espèces

et la communauté humaine représente des milliers et des milliers d'espèces.

Que pouvons-nous faire pour restorer notre communauté microbienne

quand nous avons des milliers et des milliers d'espèces sur nous ?

Eh bien, une chose que les animaux semblent faire,

ils mangent les matières fécales, c'est la coprophagie.

Et il s'avère que de nombreux vétérinaires,

surtout de l'ancienne école,

font ce qu'on appelle du « thé de bouse»

pour traiter les coliques et autres maladies

chez les chevaux et les vaches et d'autres animaux,

où vous faites une infusion avec la bouse d'un animal sain

et vous la donnez à un animal malade.

Quoique, à moins d'avoir une vache fistulée avec un gros trou dans son côté,

et que vous pouvez mettre votre main dans sa panse,

il est difficile d'imaginer que l'apport des microbes

directement par la bouche et à travers

tout le système digestif soit le meilleur mode d'administration,

donc vous avez peut-être entenduque chez les personnes, ion fait maintenant

des transplantations fécales, où, plutôt que d'introduire

quelques microbes probiotiques par la bouche,

on introduit une communauté de probiotiques,

une communauté de microbes provenant d'un donneur sain,

par l'autre extrémité.

Et cela s'est avéré très efficace dans la lutte contre

certaines maladies infectieuses graves

comme les infections digestives à Clostridium difficile que les gens

peuvent garder pendant des années, des années et des années.

La transplantation des fèces, des microbes des fèces,

provenant d'un donneur sain a été prouvés'est avérée efficace pour guérir

des infections à clostridium difficile chez certaines personnes.

Ce que ces transplantations, ces transplantations fécales, ou

le thé de bouse me donnent à penser, et bien d'autres personnes

ont eu cette même idée, c'est que

la communauté microbienne dans et sur nous, c'est un organe.

Nous devons le considérer comme un organe en fonctionnement, une partie de nous-mêmes.

Nous devons la traiter avec soin et respect,

et nous ne voulons pas l'abîmer, par exemple par des césariennes,

ou des antibiotiques ou une propreté excessive,

sans vraie bonne raison.

Et ce que les technologies de séquençage ADN permettent aux gens de faire maintenant

c'est de faire des études détaillées de, disons, 100 patients atteints de la maladie de Crohn

et de 100 personnes qui n'ont pas la maladie de Crohn.

Ou 100 personnes qui ont pris des antibiotiques quand ils étaient petits,

et 100 personnes qui n'ont pas pris d'antibiotiques.

Et nous pouvons maintenant commencer à comparer la communauté des microbes

et leurs gènes et voir s'il y a des différences.

Et finalement nous pourrions être capables de comprendre si ce ne sont pas

de simples différences corrélatives, mais causatives.

Des études de systèmes modèles, comme les souris et d'autres animaux

contribuent également à le faire, mais les gens utilisent maintenant

ces technologies car elles sont devenues très bon marché,

pour étudier les microbes dans et sur un large éventail de personnes.

Donc, pour récapituler ce dont je veux vous parler,

je ne vous ai pas raconté une partie de l'histoire de devenir diabétique.

Il s'avère que mon père était médecin,

en fait il étudiait les hormones. Je lui ai dit de nombreuses fois

que j'étais fatigué, assoiffé, que je ne me sentais pas très bien.

Et il me laissait dire, je crois qu'il pensait que soit

je me plaignais beaucoup, ou c'était la réaction typique

du médecin « rien ne peut aller mal avec mes enfants. »

Nous sommes même allés à une réunion de la Société Internationale d'Endocrinologie

en famille au Québec.

Et je me levais toutes les cinq minutes pour faire pipi,

et boire de l'eau de tout le monde à table,

et je pense qu'ils ont tous pensé que j'étais un drogué.

(Rires)

Mais si je vous dis ça, c'est que

la communauté médicale, mon père à titre d'exemple,

parfois ne voit pas ce qui est juste devant ses yeux.

Le nuage microbien, il est juste devant nous.

Nous ne pouvons pas le voir la plupart du temps. Il est invisible.

Ce sont des microbes. Ils sont minuscules.

Mais nous pouvons les voir à travers leur ADN,

Nous pouvons les voir à travers les effets qu'ils ont sur les gens.

Et maintenant nous devons commencer

à réfléchir à cette communauté microbienne dans le contexte

de toute la médecine humaine.

Cela ne signifie pas qu'elle affecte chaque partie de nous,

mais elle le pourrait.

Ce qu'il nous faut c'est un guide pratique complet sur les microbes

qui vivent dans et sur les gens, pour que nous puissions comprendre

ce qu'ils font de nos vies.

Nous sommes eux. Ils sont nous.

Merci.

(Applaudissements)