18. yüzyılda İsveçli botanikçi Carolus Linnaeus çiçek saatini tasarladı, günün belli zamanlarında açılıp kapanan çiçekli bitkilerden oluşan saat dilimlerine sahip bir saat. Linnaeus'un planı mükemmel olmasa da fikri doğruydu. Çiçekler, tamamen olmasa da az çok zamanı hissedebilirler. Gündüzsefası çiçekleri sabahın erken saatlerinde taç yapraklarını açarlar. Kapanan bir beyaz su nilüferi öğleden sonrasını müjdeler ve ay çiçekleri, adı üzerinde, sadece geceleri çiçek açarlar. Peki bitkilere bu içsel zaman algısı nereden geliyor? Aslında sadece bitkilere de değil. Dünyadaki birçok organizmanın, günün neresinde olduklarıyla alakalı içsel bir farkındalığı var. Bunun nedeni günlük ritimler, birçok canlının içinde bulabileceğimiz saatler. Bu biyolojik saatler, organizmaların zamanı takip etmelerine ve uyum sağlamaları için çevresel işaretleri anlamalarına yardımcı olur. Bu önemli, çünkü dünyanın dönüşü tekrar eden ve tahmin edilebilir olsa da bizi sürekli bir değişime maruz bırakıyor. Günlük ritimler, bir organizmanın uyku ve diğer aktivitelerinin zamanı hakkında çeşitli ipuçları içerir. Bitkiler için ışık ve sıcaklık, moleküler boyuttaki reaksiyonları etkileyen önemli işaretlerdir. Gövde, yaprak ve çiçeklerdeki hücreler, ışığı fark edebilen fitokrom denilen küçük moleküllere sahiptir. Işığı fark ettiklerinde, bu moleküller bunu hücre çekirdeğine ileten kimyasal reaksiyonlar başlatırlar. Burada transkripsiyon faktörleri, fotosentez gibi ışığa bağlı işlemleri gerçekleştirmek için gerekli proteinlerin üretimini tetikler. Bu fitokromlar, bitkinin aldığı ışık miktarını ölçmekle kalmayıp ayrıca dalga boyundaki ufak farklılıkları da saptayabilir. Bu ince ayarlı algılama yoluyla fitokromlar hem bitkinin günün ortası ile akşam arasındaki zaman farkını hem de doğrudan güneş ışığı veya gölgede olup olmadığını fark etmesini sağlar ve bitkinin kimyasal reaksiyonlarını ortamıyla eşleştirmesini sağlar. Bu durum sabah açan bitkiler için geçerlidir. Güneşin doğuşundan birkaç saat önce, normal bir bitki zaten aktiftir ve fotosentez için mRNA şablonları oluşturur. Fitokromlar artan gün ışığını saptadığında bitki de sabah boyunca fotosentez yapıp büyümek için ışığı yakalayan moleküllerini hazırlar. Sabah ışığını topladıktan sonra, bitkiler günün geri kalanını nişasta gibi glikoz polimerleri şeklinde uzun enerji zincirleri oluşturmak için kullanırlar. Güneş batar ve o günün işi bitmiştir fakat bitkiler gece de aktiftir. Gün ışığının yokluğunda, önceki günün enerji hasatından nişastayı parçalayarak metabolize olurlar ve büyürler. Birçok bitkinin sezonluk ritimleri vardır. Bahar, kıştan kalma buzları eritirken fitokromlar uzayan günleri ve artan ışığı algılar ve şimdilik bilinmeyen bir mekanizma değişen sıcaklığı saptar. Bu sistemler bitkiye polinatörlerin sıcak havalarda geleceğini haber verip çiçek açmasını sağlar. Günlük ritimler, bitki ve çevresi ile bir bağlantı görevi görür. Bu salınımlar bitkilerin kendisinden gelir. Her birinin kendine ait ritmi vardır. Yine de, bu saatler salınımlarını çevresel değişikliklere ve işaretlere uyarlayabilir. Sürekli değişmekte olan bir gezegende, bitkilerin doğru çizelgelere ve zamanlara uymalarını sağlayan şey günlük ritimlerdir.